Собственно, чем это может грозить в дальнейшем, если в коде позакомментировать условие

Если РежимПроведения = РежимПроведенияДокумента.Оперативный Тогда

на контроле остатков, сертификации и прочем-прочем?

ну контроль остатков имеет смысл только при оперативном проведении. бардак будет иначе

Когда при неоперативном проведении контроля нет, еще больший бардак.

при неоперативном на текущую дату документа только достоверная инфа, всё что выше по временной оси - может стать криво.
Мало только закоментировать, код в типовой расчитан на оперативное проведение, т.е. в запросах по остаткам дата среза не указывается. т.е. надо добавлять дату среза при неоперативном ещё

Временная ось - слева направо.
За замечание по датам в запросах спасибо.

(4) у меня снизу вверх)

Сорри, не так всё просто. Контроль остатков при неоперативном проведении - не так всё просто. Много изменений во многих местах. И не только в запросах.

Например в функции, которая возвращает дату документа: точно текст не помню, но там, типа, "...если время не указано или документ не проведен - используем конец дня..." Вот такие приколы от разработчиков там, сям в конфе.

Ага, типа такого:

Функция ПолучитьДатуОстатков(ДокОбъект) Экспорт    
ДатаОстатков = '00010101';
Если НачалоДня(ДокОбъект.Дата) <> НачалоДня(ТекущаяДата())
И ДокОбъект.Дата <> '00010101' Тогда
     
Если НЕ ЗначениеЗаполнено(ДокОбъект.Ссылка) Тогда
ДатаОстатков = КонецДня(ДокОбъект.Дата);
Иначе
ДатаОстатков = ДокОбъект.МоментВремени();
КонецЕсли;
       
КонецЕсли;
   
Возврат ДатаОстатков;
   
КонецФункции

(6) смотря контроль каких остатков
делал контроль остатков при неоперативном проведении резервов - ничего смертельного

Печалька...

(9) а теперь начнём с начала - чем не достаточен контроль по партиям

(10) Тем, что нужен контроль по сериям. Плюс контроль сертификации.

не должно быть у пользователей права проводить документы неоперативно. иначе бардак.

(11) если речь о внутренней сертификации, то стоит ограничиться парой ТН и ОПзС и в материалах поднять галку оперативный учёт НЗП

(13) Да, с сертификацией, вероятно, так и буду делать. Но остается открытым вопрос контроля остатков, так как реализация стабильно идет задним числом.

(14) начнем с начала, РАУЗ или партионка

(15) РАУЗ

(8) "смотря контроль каких остатков" - :)

Делал контроль остатков при неоперативном проведении документов... около 200 измений в общем модуле ПроцедурыКонтроляОстатков; по десятку изменний в общем модуле УправлениеЗапасами, в регистрах МатериалыВПроизводстве, МатериалыВЭксплуатации, СвободныеОстатки, ТоварыОрганизаций... остальную мелочь уже и не упоминаю...

Дада, в УПП списание по партиям либо переписывать вчистую, либо править весь модуль УправлениеЗапасами, очень уж там проведение размазано.

Пичалька блин...