размер файла сообщения ~2 гб
файловый вариант
это нормально?

на сервере обычно работает ~40 человек, стоит сервер 1с и ms sql и тормоза лишь иногда

Период какой выгружается? День? Месяц? Год?

2 месяца со вводом остатков из 7.7.

(0) Посмотрите журнал регистрации в БП, что там сейчас происходит?

Событие:Данные. Изменение
Метаданные:Регистр сведений. Объекты информационных баз
Статус завершения транзакции
Не завершена


Данные. Изменение
Регистр сведений. Объекты информационных баз
Не завершена

Данные. Добавление
Приходный кассовый ордер 0000-006481 от 05.06.2012 18:16:42
Не завершена

Интересно в серверном варианте было бы быстрее?

а?

все еще идет загрузка, ждать? или на mssql перезапустить?

посмотри, сколько объектов зарегистрировано для узла. выгружай кусками, если много

для 2-х гигового хмля нормально