апдейт на 3.1.9 ничем не помог

сотруднику первая зп, а по нему попадают выплаты с 2013 года, много с плюсом, одна с минусом, на такую же сумму
в итоге денег начисляется вроде сколько нужно, но откуда по новому возникают все эти суммы?

Элемент в спр Сотрудники новый?

А сколько всего лет с выплатами взялось? Это ведутся прямо по документам подробно все начисления, удержания, выплаты и т.д.? Или перенос какой-то хитрый был?

(1) новый-новый человек
(2) с 2013 года, перенос был типовой пару лет назад

нет пардон, не новый
всмысле элемент-то новый, но она у нас работала уже, сотрудник был скрыт

могут закрываться "пересорты" по подразделениям, статьям финансирования и прочим вещам, которые не свернулись при прошлых выплатах. если сумма старых пересчетов ноль - это хорошо, оставьте  их, больше они появляться не должны. иначе придется лезть в древние периоды и все закрывать руками

(4) вот и косяк.. надо было нового создавать..

(4) вангую, что при обновлении, т.е. очередной смене релиза - обработка обновления пробежалась на всю глубину данных базы и перепровела документы по какой-то своей логике. И при перезаписях в регистре сведений возникают записи... В общем, не продумали до конца механизм обновления.

Возможно, что не обязательно проявляется проблема просто из-за того, что именно у этого физлица остались записи по прежним сотрудникам и для нового сотрудника с физлицом созданным вылезли эти паразитные записи. Ну это предположение при условии, что элемент не взятый из архива, но новый.

а какие регистры глянуть? "перерасчет зарплаты" пустой

(9) Зарплата к выплате, на его основании заполняются ведомости на выплату.

Смотри универсальным отчетом остатки и обороты в разрезе сотрудников, выведи дополнительную колонку "Табельный номер", чтобы отличать одного сотрудника того же физлица от другого.

Также добавь документ-основание, если по умолчанию не предложит, я сейчас не помню, что там с настройками по умолчанию для этого регистра.