Ситуация такая. На 60.01 есть остаток в размере 100 тысяч. Делаем платежку на 120 тыс. Получаем минус 20 тыс. на остатке. Т.е. программа по какой-то причине не видит что это уже аванс. В какую сторону копать?

мало данных. вид расчетов по договору какой?

Вид расчетов "По договору в целом". Галка "По документам расчетов" снята.

а счет авансов 60.02 поставили?)

Обижаете, конечно счет авансов правильно выбран.

Ситуация интересная. По данному контрагенту авансов никогда не было, поэтому я подозреваю что где-то есть документ проведенный с галочкой в договоре "По документам расчетов с контрагентами". Потом наверно галочку сняли а вот документ не перепровели. Другого объяснения найти не могу....Буду дальше смотреть...