Есть две базы, обмен делается через РИБ. Когда в центральную вносятся изминения в конфигурацию, то обмен останавливается. Есть ли возможность в программе что бы изминения загружались в автоматическом режиме?

1С:Предприятие 8.2 (8.2.14.528)
1C УТ 11

(0) Т.е. останавливается? Автообмен прекращает работать? В консоли заданий помечается как "не активно"? Или с ошибками останавливается?

Выходит сообщения что конфигурации не совпадают, точно не помню. И после процесс обмена останавливается.

(2) Так надо произвести обмен пару раз и обновить удаленную конфигурацию. Пока конфу не обновишь, данные не пойдут, ведь структура то отличается

в каждую базу заходить и обновлять удаленно это долго. Как можно сделать этот процесс автоматизированно?

(4) Там есть встроенный механизм выгонения пользователей и обновления базы. Только на тяжелых объемах он плохо работает. Рекомендую его доработать

А вообще, рекомендуется пореже обновляться, так и проблем с обновлениями меньше и работа быстрее идет и развитие системы с меньшими откатами.
Это не к теме, просто личный опыт