То что можно отразить в программе продажу чьих-то товаров/услуг я знаю.
И как эта схема работает тоже знаю.

Другая немного: какая-то компания поручает нам привезти груз (тут даже из-за границы). Тоже выступаем как агенты и предъявляем заказчику к оплате сумму затрат (тут ведь и валюты еще...) плюс агентской вознаграждение.
На прибыль должно попасть только агентское вознаграждение.

Как руками сделать с бухгалтером придумали.

Может я чего не заметил в типовой схеме и можно автоматом?

так вроде есть агентские услуги, посмотри на ИТС, вроде была там статья