Можно ли штатными настройками сделать так, чтобы док АBC-классификация покупателей учитывал галку "Входит в холдинг" и складывал показатели подчинённых контрагентов, выводя в док только головного?

а если вывести в отчет Контрагент.ГоловнойКонтрагент ?

в отчет-то можно. но если залезть в элемент справочника, там всё так же увидишь класс, который присвоит документ.

чую, придется логику заполнения дока менять

сделай внешнюю обработку заполнения табличных частей