Документ делает движения по проводкам, всю обработку проведения облазили исходящие процедуры, но там только движения по обычным регистрам.

Как могут движения при проведении еще привязываться?

подписки? замер производительности ещё может помочь

Да в подписках. Кто это такое вообще придумал.

(2) Еще вот тебе такой вариант (реализован ЗУП): в модуле одного регистра в обработчике "ПередЗаписью" реализована процедура формирующая наборы записей по связанному регистру.

(2) правильно всё, лучше написать в одном месте чем в каждом документе