1. Как регистрировать пришедшие фактуры, если приход товара был проведен через авансовый отчет, а не поступление материалов и услуг. Формирует ли 1с какой - то реестр фактур?
2. Как быть с банк-клиентом, если много счетов и банков? Завести программу банк клиент для нескольких а остальные выписки разносить вручную? Просто счета в разных банках.

что мешает завести клиент-банка для каждого отдельного, сопсна, банка? зачем для нескольких?

по первому не скажу, а второй вопрос странный, мягко говоря

1. А что мешает не выдумывать велосипед а регистрировать через авансовый - оплату,а приход делать  через поступление ТМЦ?

2. А что с клиент-банками? Можете ставить, можете не ставить. В чем проблема?

Ну и по первому добавлю, что на основании авансового можно ввести счет-фактуру полученную

(4) ок спс

(3) получается ппросто в авансе сумму и док аванса указываю и делаю док поступление ТМЦ.

Если делаю поступление тогда во взаиморасчетах будет висеть остаток, как его закрыть авансовым?