в наследство досталась комплексная распределенная база.
Вот какая картина в плане обмена:
Значек          Название
Красный         База1
Синий           База3
Синий с зелен.  База2

Выясняется что База1 (с красным значком, я так понимаю она является и центральной) была утеряна. База3 была создана из База2 и настроен обмен между База2 и База3.

Но как мне теперь вносить изменения в конфигураторе, ведь центра то нет?

отключи центральный узел

(1) как отключить узел от РИБ понятно:
http://devtrainingforum.v8.1c.ru/forum/thread.jsp?id=537609
Но как в моем случае отключить центральный узел не пойму.

ПланыОбмена.УстановитьГлавныйУзел(Неопределено)

не?

поидее надо делать базу 1 или 2 главной. должен быть начальник в РИБ.

(4) точно. База2 мне нужно сделать главной, при этом нужно сохранить обмен с База3, а воспоминания о База1 убрать. Как это сделать?

ну поидее в базе 1 надо ПланыОбмена.УстановитьГлавныйУзел(База2), и проверять настройки обмена

штатно - это созданием начального образа делается, даже хз к чему привести может такой ход конём