Не пойму, что не так, есть запрос:
SELECT
    РегОст.Фирма КАК [Фирма $Справочник.Фирмы],
    РегОст.МОЛ КАК [МОЛ $Справочник.ФизЛица],
    РегОст.Номенклатура КАК [Номенклатура $Справочник.Номенклатура],
    РегОст.НачалоПериода КАК [День $Дата],
    РегОст.КоличествоКонечныйОстаток КАК [Остатки],
    РегОст.СуммаУпрКонечныйОстаток КАК [СуммаОст],
    РегОст.КоличествоПриход КАК [Приход],
    РегОст.СуммаУпрПриход КАК [СуммаПриход]
FROM
   $РегистрОстаткиОбороты.ПартииНаличие(
                       :НачПериода,
                       :КонПериода~,
                                            Неделя,
                        ДвиженияИГраницыПериода,
(Фирма В (Выбрать val ИЗ #Фирмы)) AND (Номенклатура В (Выбрать val ИЗ #Номенклатура)),
                       (Фирма,Мол,Номенклатура),
                       (Количество,СуммаУпр)
                       ) КАК РегОст

Метод дополнения указан "ДвиженияИГраницыПериода", а в итоговой ТЗ у меня остатки только на начало периода, по некоторым товарам иногда есть и на конец, но не по всем Складам:

Склад1 "Швабра синяя"  01.02.12 10шт
Склад2 "Швабра синяя"  01.02.12 5шт