Как сделать так, что бы программа начисляла з/п в дни, когда сотрудник находится в отпуске? Раньше было так: отправляем сотрудника в отпуск, начисляем отпускные, через 5 дней его отзываем и он работает и получает за эти дни как за рабочие, но как сделать такой фокус в 1с?

Точно так же :)))

хорошо, отправляем человека в отпуск, создав соответствующий документ. Через 5 дней в табеле учета рабочего времени мы начинаем проставлять ему рабочие дни. И, при начислении з/п программа игнорирует эти рабочие дни, т.к. видит что он был в отпуске.