Есть такие люди которые работают и по штату и по договору, по ним формируется одна расчетка, а вот есть один сотрудник по которому формируется расчетка или только по договору или только по штатному. Где косяк?

наверно физ.лица разные... не?

точно, а возможно ли подцепить другого

(2) возможно. Цепляй спокойно, не задумывайся.

физ лицо должно быть одно. иначе при годовом ндфл будет ругаться на дубли.

не могу найти как поменять

(5) Ты бы для начало проверил, как налоги по нему будут рассчитаны после объединения, а то заменишь и хана отчетности ...
ЗЫ Заменить можно типовой обработкой "Поиск и замена значений"

(5) http://videozup.ru/zup/noprogrammer/borba-s-klonami.html