Хм... У меня в похожих ситуациях вроде нормально было...
Но если автозаполнение параметров СКД глючит - попробуй прописать настройки нужных отборов руками (сам в фигурных скобках или через конструктор запроса на закладке СКД).
еще заметил следуещее: если поменять запросы местами, то появляется нужный тип "перемещение товаров ФР".т.е.типы документов всегда доступны только из первого запроса, как будто объединения не происходит, или мож нельзя объединять по типам???
Компьютеры — прекрасное средство для решения проблем, которых до их появления не было.