Отражением ЗП в регламентированном учете создана проводка
97.01 - 69.11
Субконто физики - пустое.
Бухи операцией делают корректирующую проводку.
В итоге в отчете оборотно-сальдовое по счету пустые субконто - разные.
Одно неопределено, а второе - пустое значение?
Куда рыть?

Посмотри в справочнике способы отражения ЗП в рег. учете, как именно это проводка формируется.

(1) <...> - это разное для двух проводок.

получи к пустому субконто запросом ТИПЗНАЧЕНИЯ, сразу всё увидишь

Получается, что при отражении ЗП в регл.учете данное субконто неопределено, а в операции при выборе счета уже идет назначение типа субконто - физики. И как бороться?

думай, тебе за это деньги платят. вариантов то всего 2.

(5) Вопрос решен.
Я сомневаюсь, что кто-то из задающих здесь вопросы не получает деньги за свою работу, связанную с 1С.

Иногда глаз настолько замыливается, что спросив, найдешь ответ быстрее, чем "варясь в собственном соку", даже получив ответ, подобный этому.

Вариантов действительно два - написать самому или воспользоваться универсальными методами. В данном случае сработал второй.