Исправляем ошибку в НУ, идет перекидка в проводках НУ
Дт 20.01.1 НУ - 1000 руб.
Дт 20.01.1 ВР 1000 руб.

как в РАУЗе заполнить суммы, чтобы получилась такая же логика, как в проводках НУ? По бух. учету ничего не формируем, корректируется только НУ.

еще нужно РН НезавершенноеПроизводствоНУ подредактировать

хотя в РАУЗ может и другой регистр

определитесь, в "проводках НУ" или "РАУЗе" все таки?
Если речь о регистре "Учет затрат регл." то по НУ там 2 ресурса, считаются тупой математикой БУ=НУ+ПР+ВР
в простом варианте корректировкой записей регистров можно сделать