Была бухгалтерия базовая купили БСО знаю, что для того что-бы перевести базовую бухгалтерию в Проф нужно было объеденить конфигурацию с cf фаилом, а с БСО так не получается выдает ошибку, что некоторые регистры не имеют регистратора.

Нет не так. Сначала базовую в обычную проф. Затем уже объединяй с cf от БСО.