Коллеги поделитесь пожалуйста опытом, как вы организовали нумерацию счетов-фактур в обособленных подразделениях.

Согласно постановлению Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137 порядковый номер счетов-фактур, составляемых обособленными подразделениями, должен быть дополнен через разделительную черту цифровым индексом обособленного подразделения.
Также согласно требованиям Письма Федеральной налоговой службы от 6 июля 2005 г. N 03-1-04/1166/13@ нумерация счетов-фактур должна производится в порядке возрастания номеров в целом по организации.

Т.е. если у головной организации используеться префикс "ДТ", а обособленного подразделения "ТДФ", то нумерация долна быть такой:
ДТ00001
ТДФ0002
ТД00003
ТДФ0004
и так далее.

Почему?

(0) 1С в УПП реализовала слэш и забила на сквозную нумерацию,
что считаю верно, ибо 1137 отменило все предыдущие письма и постановления

(2) Письма Федеральной налоговой службы от 6 июля 2005 г. N 03-1-04/1166/13@ действует и не противоречит 1137

"нумерация счетов-фактур производится в порядке возрастания номеров в
целом по организации.
    Возможно  как  резервирование  номеров  по  мере  их  выборки, так и
присвоение  составных  номеров  с  индексом  обособленного подразделения;
журналы  учета  полученных  и  выставленных счетов-фактур, книг покупок и
книг  продаж  ведутся структурными подразделениями в виде разделов единых
журналов учета, единых книг покупок и продаж организации.
"

(0) "как вы организовали нумерацию счетов-фактур"
Оставили нумерацию документов так, как была(т.е. единой и сквозной), в печатных формах через слеш добавили номера подразделений.

Вообще ничего не добавляли. Оставили со своим префиксом