В  плане обмена у узла поменять в ручную счетчик не доступно. Каким образом подкорректировать счетчик ?

1с 8 Ошибка при вызове метода контекста (НачатьЧтение): Номер сообщения меньше или равен номеру ранее принятого сообщения

Обработкой. Например, "Регистрация изменения для обмена"

Есть монитор обмена данными. Там тоже можно.
А еще в файле ручками подправить.