Собственно можно ли это делать в стандартной ЗУП или в какой либо программе от 1с.

Вряд ли. Стандартный период - месяц.

(0) В 1с77 когда то писал самописку расчет был недельным типовые бы не подошли там все на месяц рассчитано. Там даже период можно было ставить неделя. А вот в 1с8.2 смотрю период возможен только день, месяц, квартал, год. Тут уж тем более сложнее кажется. Если задачка не специфична то не стоит замарачиваться.

(0) быть может устроит выплачивать несколько раз аванс, а окончательно за месяц расчет делать. Налоги все равно ежемесячно отчислять?