Платформа 1С:Предприятие 8.1 (8.1.14.72)
При установке сложного отбора в параметрах виртуальной таблицы компоновки данных (т.е. в фигурных скобках {}), в итоговом запросе он не всегда применяется.

Пример №1 (простой):
В {} в параметрах виртуальной таблицы РБ пишу:
{ВЫРАЗИТЬ(СубконтоКт1 КАК Документ.ДСП).* КАК Договор}
В итоговом запросе при установке отбора по полю Договор.Подразделение.ЦУУ выходит как надо и отбор срабатывает:
ВЫРАЗИТЬ(СубконтоКт1 КАК Документ.ДСП).Подразделение.ЦУУ = &П1

Пример №2 (по сложнее):
В {} в параметрах виртуальной таблицы РБ пишу:
(ВЫБОР
   КОГДА Субконто2 ССЫЛКА Документ.ДопсДСП
       ТОГДА ВЫРАЗИТЬ(Субконто2 КАК Документ.ДопсДСП).ИсходныйДоговор
   ИНАЧЕ ВЫРАЗИТЬ(Субконто2 КАК Документ.ЗаявлениеОбУбыткахДСП).Договор
КОНЕЦ).* КАК Договор
В итоговом запросе при установке отбора по полю Договор.Подразделение.ЦУУ ничего нет. Т.е. отбор не применяется вообще (в {ГДЕ} я отбор по договору принципиально не накладываю).

Кто знает, это баг 14-й версии платформы?

Выведи это поле в консоли или в отчете, посмотри, что там.
Скорее всего, это твой косяк.