Можно ли используя навигационную ссылку зайти в базу 1с в веб-клиенте, чтобы при входе выполнился некоторый код. Какой это код - должно быть понятно через саму эту ссылку.

Создай обработку. Опиши что она должна делать "ПриОткрытии". Получи навигационную ссылку.

Если действий дофига, можно, гипотетически, создать справочник, где к каждому элементу будет привязана своя ссылка и соответствующие действия. Но это изврат какой-то.

(1) главное, можно ли через навигационную ссылку передать параметр, который можно прочитать при входе в систему

по существу может кто-нибудь подскажет? мне не просто нужно открыть по ссылке какую-то форму, а именно передать по ссылке параметр, и чтобы при входе в базу в зависимости от него сработали некоторые действия.

Параметры передавать нельзя. Самому чтоль сложно глянуть?

У меня была похожая задача. Универсального способа не нашел.