1с 8.2 БП
Программно создаю счет фактуру без НДС. Она почему то не попадает в
книгу продаж. Какая может быть причина ?

Оказалось надо добавить в реализацию-основание СФ движение по НДСЗаписиКнигиПродаж.

а не проще ли провести её?

там же еще регистр журнал учета двигается, и опять таки НДСЗаписиКнигиПродаж разве фактура двигает?

Проводи не проводи. СФ не двигает НДСЗаписиКнигиПродаж.
В НДСЗаписиКнигиПродаж СФ указана как измерение. А регистратор - реализация.

(4) Речь про реализацию, а не про счет фактуру

Именно так.