Есть запрос
ВЫБРАТЬ
   ТоварыОрганизацийОстатки.Номенклатура,
   ТоварыОрганизацийОстатки.КоличествоОстаток,
   ТоварыОрганизацийОстатки.Склад
ИЗ
   РегистрНакопления.ТоварыОрганизаций.Остатки КАК ТоварыОрганизацийОстатки
ГДЕ
   ТоварыОрганизацийОстатки.Номенклатура.ДополнительныеРеквизиты.Свойство = &Свойство
   И ТоварыОрганизацийОстатки.Номенклатура.ДополнительныеРеквизиты.Значение = Ложь
   И ТоварыОрганизацийОстатки.КоличествоОстаток > 0

Нужно отобрать товары где остаток по складу больше 0 и Дополнительный реквизит "Выгрузка на сайт" = Ложь

какой тип у этого реквизита? это свойства?

Наименование "Выгружать на сайт"   Тип - Булево. Это дополнительный реквизит

Спасибо, сам разобрался. К доп реквизитам можно обращаться через наименование