при расчете себестоимости делается проводка 60.02 - 41.01 "возврат поставщику". Как избавиться от нее?

Та может все-таки это нормально? в проводке ведь нет количества, только сумма? Корректировка стоимости товаров.

(1) что на это сказать поставщику в акте сверки?

(2) ааа, вот оно что.
Предположение, а если выбрать в возврате документ поступления?
Или сделайте обратную реализацию.