Смотрю сейчас подсистему свойства из БСП, разделение на реквизиты и сведения сделано интересно и интеграция тоже не выглядит сложной в общем нравится.

Но не пойму как реализована история изменения, вроде как регистр "ДополнительныеСведения" не периодический, а больше свойства и хранить негде.

Пока предположил что это дополнительная подсистема, тогда вопрос а где искать "основную", та которая поддерживает периодичность и соответственно историю изменений?

Все таки периодичность это одна из важных частей подсистемы свойств.

Скорее всего, это подсистема "ВерсионированиеОбъектов"

(0) Свойства - те же реквизиты, только в профиль.
Если нужна история - нужно делать отдельную структуру хранения.

(1) Я тоже подумал о версионировании но это не совсем то.

(2) Хотелось бы не потерять тот функционал который БСП предоставляет, теоретически можно доработать подсистему БСП но потом с обновлениями будет тяжело.

вот и решил спросить может кто то уже подобные проблемы решал.

Доп. характеристики никогда и не поддерживали периодичности (как и обычные реквизиты) - добавляй в конфигураторе периодический РС на каждое "периодическое свойство".