Удаляю в одной базе объекты(УТ 10.3). Будет ли срабатывать проверка на ссылочную целостность при переносе в другой узел (БП 2.0)?
Или лучше снять с регистрации изменения по узлу от греха подальше?

увы нет, в другой базе автоматом удалится и будет "обект неопределен/не найден"

(0) контроля целостности в 1С нет вообще ни в каком режиме

(1) ок.