Добрый день!
Подскажите какая разница и есть ли она, в добавлении счета в план счетов
в режиме предприятия и в режиме конфигуратора?

Разница - есть. И не одна. Которая именно интересует?

добавлен субсчет к счету 10, через предприятие .
В итоге Налоговый учет по этому счтеу считаеться не правильно

(2) предлагаю выгнать "программиста" и нанять нормального....

Зовите специалиста, или самостоятельно в конфигураторе изменяйте обработки проведения и алгоритмы налогового учета в общих модулях.

(2) соответствие счетов БУ и НУ настройте.

А фразы  типа "Налоговый учет по этому счтеу считаеться не правильно", это примерно то же самое, что "что-то где-то не работает".

(2) Лень вспоминать. Ищи место в коде где субсчета счета 10 перебираются в явном виде.

обращение к счету - или по идентификатору или по найтипокоду()

В 10-й счет вроде хоть сто субсчетов добавляй, всё нормально работает. Вот если в 62 или в 76 добавить, тогда да.

(8) Точно. Немного попутал. В УПП при добавлении субсчетов на счет 01, надо править код для расчета налога на прибыль.