Подскажите, можно ли как то с этим бороться? Запрос в консоли выполняется мгновенно, но при вставке в транзакцию (перед записью документа) думает секунд 20

Можно и даже нужно.

(1) как?
уточнение, запрос выполняю в тестовой базе, в которой только я.

БД на MS SQL

(2) начни с указания конфы. посту к 30 мы у тебя запрос попросим, а там видно будет.

Оно понятно. При автоматической транзакции блокируются данные, которые выбирает запрос, плюс данные, к которым обращаешься по ссылке через встроенный язык.

Плюс запрос, выполняемый внутри транзакции не использует грязное чтение.

(2)конфа самописная. платформа 8.2.19

(7) переводи конфу на управляемый режим блокировки данных, но тогда придется самому описывать в коде все необходимые блокировки.

Все, разобрался. Если в параметрах запроса используется условие по измерению из составным типом, то блокировка длится намного дольше.