Стали сотрудникам начислять дополнительные отпуска, а вот в начислении зп они потом не учитываются, зп начисляется за все дни
Это отчего так может быть?

От того что вы не объяснили программе что дополнительный отпуск уменьшает отработанное время

я подозревал)
а должен доп.отпуск являться отпуском? для учета остатка отпусков
вкладка "использование" начисления

Вкладка "Время"

там такой же вид времени, что и в основном отпуске - неотработанные полные смены, а также командировки

что же тогда сделать, чтобы оплачиваемые дни уменьшались отпуском?

Для видов расчета "Оклад по дням" или "оплата по тарифу" надо на закладке "Прочее" в вытесняющих начислениях указать ваш дополнительный отпуск