В общем у мена на самом деле оказался не РИБ:/
У себя решил вопрос с помощью добавления объекта удаления непосредственно в момент формирования xml.
Данные = Новый УдалениеОбъекта(Данные.Ссылка);
На всякий случай ссылка, на похожую тему
v8: Удаление объекта в узле обмена по обмену данными
На счет РИБа, можно капнуть в сторону
ОтправкаЭлементаДанных, в событиях ПриОтправкеДанныхГлавному и ПриОтправкеДанныхПодчиненному модуля объекта плана обмена для РИБ. Там можно поставить Удалить, Игнорировать... возможно это то что нужно.
