Как в 1С самим себе выписать счет-фактуру с реализации, а затем надо сделать запись в книге покупок по этой счет-фактуре ?

Кофигурация БП 3.0

Без ввода документа "Поступления"?

(0) попробую угадать: не самим себе, а от одной организации другой организации, обе организации ведутся в одной БП

если есть связка с УТ, то задействовать интеркампани (одна передача в УТ приезжает БП в РТиУ и парную ПТиУ), если нет - то руками две накладных и две сф.

Строительство?

курите налогового агента. ИТС вам в помощь