Настроил все по инструкции из ЗУП выгружаются данные только о выплате зарплаты. В БП они загружаются в виде ведомости на выплату зарплаты, которая не делает никаких проводок.
Как заставить выгружать данные о начислении зарплаты, расчет налогов, взносов и т.п.?

а зачем Вам "данные о начислении зарплаты, расчет налогов, взносов и т.п."?
Док "Отражение зарплаты в учете" выгружается. Его сделали в ЗУПе?

http://its.1c.ru/db/staff1c#content:33741:zup25

Видимо нет. Сейчас проверю.