По взносам в ПФР тоже. 4ФСС цифры правильные, а в анализе по некоторым сотрудника отклонения. С чем это может быть связано?

(0) с минусами по облагаемой базе (или необлагаемой)

(0) переходящие отпуска

и больничные

(2) (3) Можно подробнее, если не трудно?

(0) А у ЗУП есть номер релиза и платформы?

(4) сформируйте анализ за весь период - итоговые цифры сойдутся? если да, то это однозначно сотрудники с ушедшими минусами в другой период

(6) Не  понял, как может быть база с минусом?

(5) Это не ошибка, а особенность - она всегда была, но я до конца не понял из-за чего

(7) легко и не принужденно - отправили сотрудника в отпуск, а он принес больничный за этот период и до сих пор не вышел из него (декрет, например) - вот Вам и минус по базе.
или удержание за неотработанный отпуск - если это именно начисление с минусом, то тоже может легко получиться минусовая облагаемая база