есть обработка, допустим внешняя совсем или хранится в дополнительных, хочу ее запускать в фоновом режиме например регламентным заданием. Где она может хранить параметры запуска? Кроме параметров регламентного задания, и написания своего регистра, стандартные механизмы есть? или только с привязкой к пользователю

СтандартноеХранилищеНастроек, правда там привязка к пользователю, либо нужно право "Администрирование данных"

(1) во, что хранилище настроек  с привязкой к пользователю я писал, а вот что про право "Администрирование данных"?

(2) с ним я могу все настройки выбрать? регламентному то заданию я вроде смогу такие права дать

Если у пользователя есть это право, он имеет доступ к данным, находящимся в стандартном хранилище настроек с указанием других пользователей.

(3) Да

(5) спасибо

Можно и вне базы настройки хранить: ЗначениеВФайл/ЗначениеИзФайла.