Запуск под Тонким клиентом.
Процедура (НаКлиенте), которая записывает в отдельную SQL хранилку файлы, затем если есть прикрепленные файлы должен писать в реквизит документа "ЕстьФайлы" (Булево).
Но не могу получить объект документа по ссылке, т.к.
Доступность: Сервер, толстый клиент, внешнее соединение, мобильное приложение(сервер).    
Сделал функцию, все равно "валится" (отладка на сервере не включена)
ПолученныйОбъект = ПолученныйОбъектНаСервере(СсылкаНаОбъект);
...
&НаСервереБезКонтекста
Функция ПолученныйОбъектНаСервере(пСсылкаНаОбъект)  
    Возврат пСсылкаНаОбъект.ПолучитьОбъект();
КонецФункции

(0) ну так вы и делайте всё на сервере, типа

&НаСервереБезКонтекста
Процедура
ПолученныйОбъектНаСервере(пСсылкаНаОбъект)  
    пОбъектп = пСсылкаНаОбъект.ПолучитьОбъект();
пОбъект.ЕстьФайлы = Истина;
пОбъект.Записать();

КонецПроцедуры

Так и что вы хотите? Вы же сами привели цитату из СП: Доступность: Сервер, толстый клиент, внешнее соединение, мобильное приложение(сервер)
Объект невозможно никак отобразить на тонком клиенте, следственно получить его не получится ни по ссылке ни через функцию

(0) Зачем вы его возвращаете на клиент?
Вот и работаете на сервере с объектом.

(1) Что-то я об этом как то и не подумал

(1) Всё получилось, передал все на сервак

(5) Еще в УФ при обращении от Клиента к Серверу нуна ставить у переменных (Знач). Типо обратно тогда данные не возвращаются и не загружают сеть лишними перебросами данных. И так же получается что на сервер можно передавать такие реквизиты формы, как тот же Объект, Таблицу значений, Дерево Значений и т.д...

(6) По ходу обманываешь, на сервер перечисленное отправить просто параметром не получится