Собственно, вопрос - в теме.
"1С:Бухгалтерия автономного учреждения 8 ПРОФ" - это подходящее решение ?
Основное озвученное требование - учёт целевого финансирования

НКО - оно и в африке НКО.

(1) Т.е. лучше подойдёт что-то типа "ВДГБ. Бухгалтерия НКО" ?

У меня одно время был целый Дом профсоюзов, все работали на базовой бухне