Есть некий запрос (кусок самой выборки)
    КВП_ЛицевыеСчетаСрезПоследних.ЛицевойСчет,
    КВП_ЛицевыеСчетаСрезПоследних.Объект.Владелец КАК Здание,
    СУММА(Площади.ОбщаяПлощадь) КАК ОбщаяПлощадь,
    СУММА(Площади.РасчетнаяПлощадь) КАК РасчетнаяПлощадь,
    СУММА(Зарегистрированные.КоличествоЗарегистрированных) КАК КоличествоЗарегистрированных,
    СУММА(Проживающие.КоличествоПроживающих) КАК КоличествоПроживающих
....
Есть РС с привязанными услугами к лицевому счету "РС Услуги"
Как из запроса убрать те лицевые счета, по которым существуют записи в "РС Услуги"?

Внутреннее соединение, имхо, но как соединить со вложенным запросом, который вернет пустые строки.

Типа
Нужные поля
Из Нужного регистра
внутреннее соединение с регистром "РС Услуги"
по которым количество записей = 0

в запросе для первого пишешь:
ГДЕ КВП_ЛицевыеСчетаСрезПоследних.ЛицевойСчет НЕ В
(Выбрать ВторойРегистр.ЛицевойСчет ИЗ ВторойРегистр)

Неоптимально, быть может, но если база небольшая - все сработает

(3) блин, я в синтаксисе ошибся слегка, но ничего)