При поиске объекта по УИД и при установленной "Оптимизированная запись объектов"  происходит подмена УИД загружаемого объекта.

Наткнулся при загрузке "сладкой парочки" контрагент - основной договор.
У обоих поиск по УИД. Контрагент загружается с левым уидом.

в правилах значит поиск не по ссылке и в результате находит чтото левое

если ищит по уиду и находит левого - значит уже выгрузился левый

а ещё в типовых есть регистр сведений, где прописаны соответствия объектов разных баз...

(2) поиск по уиду, в файле нужный уид

хорошо что код обработки открытый, я залез и посмотрел что и как

так вот, при кэшировании объекта, а это происходит при оптимизированной записи, уид генерится новый

(3) типовые это хтоническое зло