Есть РС в котором перечислены подразделения. Задача - отобрать в РС  только те подразделения, которые находятся в иерархии любого из перечисленных подразделений. Например в РС три записи:
Подразделение 1, подразделение 2 и подразделение 3. Подразделение 3 находится в иерархии подразделения 1, соответственно нужно выбрать только его.

(0) ГДЕ Подразделение.Родитель <> Значение(Справочник.Подразделения.ПустаяСсылка)

Так подойдёт?

(1) Нет, подразделения могут иметь любой уровень вложенности

(2) А тебе нужна только иерархия подразделений, которые уже есть в РС?

(3) Да.

(4) Тогда через выбор когда:

ГДЕ
Выбор Когда Подразделение.Родитель В (вЫбрать П.Подразделение из ВТРегистр КАК П) Тогда Истина
Когда Подразделение.Родитель.Родитель В (вЫбрать П.Подразделение из ВТРегистр КАК П) Тогда Истина
Когда Подразделение.Родитель.Родитель.Родитель В (вЫбрать П.Подразделение из ВТРегистр КАК П) Тогда Истина
Иначе Ложь Конец

Ну и столько нужно раз повторить, сколько там уровней вложенности.

Перефразируем (1)
ГДЕ Подразделение.Родитель в ПеречисленныеПодразделения

в иерархии нельзя использовать в соединениях, а в условиях можно

ВЫБРАТЬ
    Спр.Ссылка
ИЗ
    Справочник.ТвойСправочник КАК Спр
ГДЕ
    Спр.Ссылка В ИЕРАРХИИ
            (ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 1
                РС.Подразделение
            ИЗ
                РегистрСведений.ТвойРС КАК РС)

(7) Да? неожиданно, буду знать.

(8) ДА!
*(7) "ПЕРВЫЕ 1" там лишнее, работает и без этого