Есть схема в файле, импортировал ее в Общие/XDTO-пакеты.
Как теперь можно ее использовать  вместо файла ИмяФайлаСхемы ?

СхемаXML = Новый СхемаXML;
СхемаXML.РасположениеСхемы = ИмяФайлаСхемы; // как тут указать чтобы из конфига тянуло схему ?
СхемыXML = Новый НаборСхемXML;
СхемыXML.Добавить(СхемаXML);

Никак.
Импортом ты превратил ее в XDTO-пакет глобальной ФабрикиXDTO.

Обратно можно только создать новую схему, включающую в себя описание всего из пространства имен пакета. При этом схема будет построена в соответствии с мировоззрением 1С.

В общем ковыряй в сторону ФабрикаXDTO.ЭкспортСхемыXML и ознакомься уже наконец с теоретической частью