У организации есть действующий договор ИТС, франч прислал письмо со ссылкой на http://its.1c.ru Там я зарегистрировался, доступ к этому сайту есть, всё работает. В личном кабинете указаны конфигурации, на которых есть право обновлении - тоже всё верно. Но при заходе на portal.1c.ru логин и пароль от its.1c.ru не подходит. Это 2 разных сервиса, получается? И если я зарегистрируюсь на portal.1c.ru - то откуда появится доступ к обновлениям? На основании чего?

Это 2 разных сервиса.
Доступ на основании того что вы подписаны на ИТС.

Регистрируете нового пользователя на portal.1c.ru, потом там регистрируете все свои продукты по рег. номеру и пин-коду. Если что-то не получается обращаетесь во франч.