В одно базе есть номенклатура по реквизитам никак не сопоставить с номенклатурой из другой базы.
Но есть Характеристика номенклатуры у которой КОД можно сопоставить с кодом характеристики из другой базы.
Как можно в конвертации прописать чтобы номенклатура бралась из характеристики по владельцу?

(0) ты сам себе противоречишь, владельцев сопоставить нельзя, поэтому надо сопоставить по владельцу

(1)
на примере так:
База 1:
Труба железная (код 0011) Хар-ка: Красная (код 0020)
База 2:
Труба жел. (код 0012) Хар-ка: Красная (код 0020)

по сути одинаковые номенклатуры. Но реквизитов у них нет одинаковых.

(2) А что красная у вас может быть только труба? Если красная труба совпадет с красной доской это у вас одна номенклатура что ли?

(3)код в справочнике характеристик уникальный..поиск по коду

(4) если у вас нет потребности создавать новую номенклатуру, то в документах выгружайте только характеристики без поиска по владельцу (только по коду), а в обработчике "ПослеЗагрузки" проставляйте номенклатуру по владельцу.
Правда, кривовато как-то...

(5)спасибо как вариант.
думаю добавить дополнительный реквизит и сопоставить номенклатуру.