Есть две программы:
1 - самописная конфигурация (Не 1С) - база источник.
2 - БП 3.0  база приемник.

Правили редактируются в ручную( не через конвертацию).
Вопрос:
Грузилась номенклатура из одной базы в другую по уникальным идентификаторам. Теперь надо, что бы вся ранее загруженная номенклатура грузилась по тем же самым идентификаторам. А номенклатура, которая новая, что бы искалась по кодам.

1) Можно ли так сделать?
2) Если можно, то это не те ли галочки "Если по идентификатору не нашли, продолжить поиск по полям"? (точно не помню как пишется?)

Да, это те самые галочки.
А где ты их видишь, если редактируешь правила вручную? В чём смысл такого редактирования?

(0) Правили редактируются в ручную( не через конвертацию).

Зачем?

(0)
1) Сделать можно
2) Посмотри в ПКО

(1) (2) Конфигурация источник - самописная, экспортировать в конвертацию никак не получается.
Мне сказали, так может быть, если конфигурация не 1С

(4) бред. КД2.1 универсальна для любых конфигураций на платформе 1С (7.7 и 8.X)

(5) Так говорю же, конфигурация источник - это НЕ 1С,
там вообще другая платформа