Отчет "Ведомость по товарам организации в ценах номенклатуры" и отчет
"Ведомость по товаром и складам" по некоторым позициям за одинаковый период выдают разные данные. Почему такое может происходить?

ну вот в Управление Борделем 14.88 за это отвечают два разных регистра накопления.
ТоварыНаСкладах
ТоварыОрганизаций

Если внимательно посмотреть в конфигураторе, то можно увидеть, как это работает в вашей конфе.
В любом случае - склад и организация - это разные измерения. На одном складе могут лежать товары разных организаций

(1) а в некоторых барделях разрешают превышение остатков по организациям :)

(2) да и списание в минус со складов тоже практикуется :D