Можно через левое внешнее соединение, но проще через условие, типа:
Выбрать Спр.Ссылка
из Справочник.Номенклатура как Спр
Где НЕ Спр.Ссылка В (Выбрать различные рег.Номенклатура из РегистрНакопления.ТоварыОрганизаций как рег)
Возможно имеется в виду выбрать те, которые есть на остатках
Тогда нужно сеединять
РегистрНакопления.ТоварыОрганизхаций.Остатки
и РегистрНакопления.ТоварыОрганизхаций.Обороты
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший