Имеется распределенка, организация 1, основное подразделение + филиал, как изменить в филиале адрес и телефон в счете на оплату? Это только программно можно сделать? Изменением печатной формы документа? Проводить проверку на подразделение и заменять на другие данные? Или есть еще способ?

(0) посмотри в коде откуда эти данные подставляются, скорее всего из самого справочника подразделения, тогда там поменять. Или если это внешняя форма, то там могут быть жестко реквизиты в макете прописаны.