Здравствуйте. Подскажите при создании реализации на основании заказа у одного контрагента в реализации подставляется автомат старая счет-фактура. В чем может быть причина?

Скорее всего она подставлялась потому что была не проведена.

отладчик ты уже, конечно, попробовал. хм.. надо подумать.. буква А!