Бухгалтерия 3.0 последний релиз. Организация получила аванс за товар, выписала авансовый счет фактуру (декабрь 2016). Далее была реализация (февраль 2017).

В марте 2017 года покупатель возвращает часть товара, оформляя Возврат товаров от покупателя. Остается сальдо на счете 62.02. Бухгалтер считает это авансом. Мы же, руководствуясь п3 ст 168 НК считаем что нет оснований для аванса.

Но тогда соотношение 62.02 и 76АВ не будет идти. В статье на итс https://its.1c.ru/db/hoosn#content:296:1cbuh8-3
аванс сразу возвращается покупателю. В нашем случае этого не будет: покупатель постоянный клиент.

аванс возникает только по оплате

(1) Я тоже так думаю. Есть вариант такой:
деньги должны возвращаться на 76.5
и только потом, возможно, на 62.1 (корректировка долга)

(0) Если разовая ситуация, в пределах квартала, тогда сделай частичный зачет оплаты в реализации (за минусом возврата).   Но это так шаманство.