Требуется из справочника номенклатуры выбрать только те записи, которых нету в регистре сведений с соответствующим реквизитом Номенклатура (чтобы операторы знали какие записи в регистр надо добавить). Подскажите как это сделать одним запросом.

Обычный запрос же, ничего сложного.
Соединяешь две таблицы полным соединением, сортирешь, где NULL - пустые записи.
Ну и еще полно других вариантов решения